Занимаясь инструментацией я пришел к выводу, что очень полезным является создание некой области на стеке функции для внутренних нужд профайлера. Для этого категорически необходимо создать структуру нужного размера. Увы, stackalloc не подходит так как требует довольно много накладных расходов и особенно под x64. Попытка использовать свой модуль с уже скомпилированными структурами во время работы профайлера приводит к зависанию во время загрузки оного. Поэтому пришлось в каждый модуль профилируемой программы эмитировать необходимую структуру.
Теперь о важном. Первое, что необходимо сделать - это найти mdAssemblyRef для mscorlob.dll и найти/создать mdTypeRef для System.ValueType - это необходимо, так как любая структура обязана иметь в качестве базового класса System.ValueType. Важно также чтобы наша структура имела атрибуты tdNotPublic, tdSequentialLayout, tdClass, tdSealed, tdBeforeFieldInit. И не забудьте установить необходимой вам class layout. Результатом всех этих действий будет mdTypeDef, который нужно засунуть в LocalVarSig.
Кстати в эту же структуру можно записывать (опять же с помощью той же инструментации) информацию о самой функции для профайлера - ну там statement count или еще что-нибудь нужное.